Образец для цитирования:
Турковская О. В., Голубев С. Н., Дубровская Е. В. КОЛЛЕКЦИЯ РИЗОСФЕРНЫХ МИКРООРГАНИЗМОВ ИБФРМ РАН: РЕВИЗИЯ ШТАММОВ БАКТЕРИЙ РОДА AZOSPIRILLUM НА ОСНОВЕ АНАЛИЗА НУКЛЕОТИДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ГЕНА 16S рРНК // Известия Саратовского университета. Новая серия. Серия: Химия. Биология. Экология. 2018. Т. 18, вып. 1. С. 52-?. DOI: https://doi.org/10.18500/1816-9775-2018-18-1-52-59
КОЛЛЕКЦИЯ РИЗОСФЕРНЫХ МИКРООРГАНИЗМОВ ИБФРМ РАН: РЕВИЗИЯ ШТАММОВ БАКТЕРИЙ РОДА AZOSPIRILLUM НА ОСНОВЕ АНАЛИЗА НУКЛЕОТИДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ГЕНА 16S рРНК
Коллекция ИБФРМ РАН поддерживает уникальный фонд бактери- альных штаммов рода Azospirillum, известного своим биотехно- логическим потенциалом. Динамично развивающаяся систематика этого рода требует проверки и уточнения таксономического положения изолятов, хранящихся в коллекции на протяжении длительного времени. В результате проведен сравнительный анализ полноразмерных генов 16S рРНК, который в совокупности с морфологическими, культуральными, физиолого-биохимическими свойствами, а также данными ДНК-ДНК гибридизации позволил подтвердить или установить видовую принадлежность тестируемых штаммов азоспирилл. Обнаружены представители 2 предполагаемых новых видов этого рода.
1. Baldani J. I., Videira S. S., Dos Santos Teixeira K. R., Reis V. M., De Oliveira A. L. M., Schwab S., De Souza E. M., Pedraza R. O., Baldani V. L. D., Hartmann A. The family Rhodospirillaceae // The Prokaryotes: Alphaproteobacteria and Betaproteobacteria / eds. E. Rosenberg, E.F. DeLong, S. Lory, E. Stackebrandt, F. Thompson. Berlin ; Heidelberg : Springer, 2014. P. 533–618.
2. Lin S.-Y., Hameed A., Liu Y.-C., Hsu Y.-H., Lai W.-A., Shen F.-T., Young C.-C. Azospirillum soli sp. nov., a nitrogen-fi xing species isolated from agriculture soil // Intern. J. Syst. Evol. Microbiol. 2015. Vol. 65. P. 4601–4607.
3. Lin S.-Y., Liu Y.-C., Hameed A., Hsu Y.-H., Huang H.-I., Lai W.-A., Young C.-C. Azospirillum agricola sp. nov., a nitrogen-fi xing species isolated from cultivated soil // Inter. J. Syst. Evol. Microbiol. 2016. Vol. 66. P. 1453–1458.
4. Huang X.-D., El-Alawi Y., Penrose D. M., Glick B. R., Greenberg B. M. Responses of three grass species to creosote during phytoremediation // Environ. Pollut. 2004. Vol. 130. P. 453–463.
5. Huang X.-D., El-Alawi Y., Penrose D. M., Glick B. R., Greenberg B. M. A multi-process phytoremediation system for removal of polycyclic aromatic hydrocarbons from contaminated soils // Environ. Pollut. 2004. Vol. 130. P. 465–476.
6. Муратова А. Ю., Турковская О. В., Антонюк Л. П., Макаров О. Е., Позднякова Л. И., Игнатов В. В. Нефтеокисляющий потенциал ассоциативных ризобактерий рода Azospirillum // Микробиология. 2005. Т. 74, № 2. С. 248–254.
7. Mehnaz S. Azospirillum : A Biofertilizer for Every Crop // Plant Microbes Symbiosis: Applied Facets / ed. N. K. Arora. New Delhi : Springer, 2015. P. 297–314.
8. Hungria M., Campo R. J., Souza E. M., Pedroza F. O. Inoculation with selected strains of Azospirillum brasilense and A. lipoferum improves yields of maize and wheat in Brazil // Plant Soil. 2010. Vol. 331. P. 413–425.
9. Pereg L., de-Bashan L. E., Bashan Y. Assessment of affi nity and specifi city of Azospirillum for plants // Plant Soil. 2016. Vol. 399. P. 389–414.
10. Lucy M., Reed E., Glick B. R. Applications of free living plant growth-promoting rhizobacteria // Antonie van Leeuwenhoek. 2004. Vol. 86. P. 1–25.
11. Declerck S., Willems A., Heijden van der M. G., Varese G. C., Turkovskaya O., Evtushenko L., Ivshina I., Desmeth P. PERN : An EU-Russia initiative for rhizosphere microbial resources // Trends Biotechnol. 2015. Vol. 33. P. 377–380.
12. Lane D. J. 16S/23S rRNA sequencing // Nucleic acid techniques in bacterial systematics / eds. E. Stackebrandt, M. Goodfellow. Chichester : John Wiley and Sons, 1991. P. 115–175.
13. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование : пер. с англ. М. : Мир, 1984. 480 с.
14. Yoon S. H., Ha S. M., Kwon S., Lim J., Kim Y., Seo H., Chun J. Introducing EzBioCloud : A taxonomically united database of 16S rRNA and whole genome assemblies // Intern. J. Syst. Evol. Microbiol. 2017. Vol. 67. P. 1613– 1617.
15. Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6 : Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0 // Mol. Biol. Evol. 2013. Vol. 30. P. 2725–2729.
16. Методы общей бактериологии / под ред. Ф. Герхарда [и др.] : в 3 т. М. : Мир, 1984. Т. 3. 264 с.
17. Nucleic acid hybridization : a practical approach / eds. B. D. Hames, S. J. Higgins. Oxford ; Washington, DC : I.R.S. Press, 1985. 245 p.
18. Позднякова Л. И., Каневская С. В., Леванова Г. Ф., Барышева Н. Н., Пилипенко Т. Ю., Богатырев В. А., Федорова Л. С. Таксономическое изучение азоспирилл, выделенных из злаков Саратовской области // Микробиология. 1988. Т. 57, № 2. С. 275–278.
19. Hartmann A., Baldani J. I. The genus Azospirillum // The Prokaryotes. A handbook on the biology of bacteria / eds. M. Dworkin, S. Falkow, E. Rosenberg, K-H. Schleifer, E. Stackebrandt. New York : Springer, 2006. Vol. 5. P. 115–140.
20. Wayne L. G., Brenner D. J., Colwell R. R., Grimont P. A. D., Kandler O., Krichevsky M. I., Moore L. H., Moore W. E. C., Murray R. G. E., Stackebrandt E., Starr M. P., Truper H. G. Report of the ad hoc committee on reconciliation of approaches to bacterial systematics // Intern. J. Syst. Bacteriol. 1987. Vol. 37. P. 463–464.
21. Kim M., Oh H. S., Park S. C., Chun J. Towards a taxonomic coherence between average nucleotide identity and 16S rRNA gene sequence similarity for species demarcation of prokaryotes // Intern. J. Syst. Evol. Microbiol. 2014. Vol. 62. P. 716–721.
22. Saitou N., Nei M. The neighbor-joining method : A new method for reconstructing phylogenetic trees // Mol. Biol. Evol. 1987. Vol. 4. P. 406–425.
23. Tamura K. Estimation of the number of nucleotide substitutions when there are strong transition-transversion and G+C-content biases // Mol. Biol. Evol. 1992. Vol. 9. P. 678–687.
24. Tindall B. J., Rossello-Mora R., Busse H.-J., Ludwig W., Kampfer P. Notes on the characterization of prokaryote strains for taxonomic purposes // Intern. J. Syst. Evol. Microbiol. 2010. Vol. 60. P. 249–266.
25. Maronichea G. A., García J. E., Salcedo F., Creus C. M. Molecular identifi cation of Azospirillum spp. : Limitations of 16S rRNA and qualities of rpoD as genetic markers // Microbiol. Res. 2017. Vol. 195. P. 1–10.
26. Oren A., Garrity G. M. Then and now: a systematic review of the systematics of prokaryotes in the last 80 years // Antonie van Leeuwenhoek. 2014. Vol. 106. P. 43–56.
